Il primo nucleo del patrimonio archivistico era costituito principalmente dai fondi del Cln regionale toscano, del Cvl e dei Cln della provincia, i quali, sebbene presentino alcune lacune dovute alle alterne vicende subite, costituiscono una documentazione di alta rilevanza per la storia della lotta clandestina contro il nazifascismo e, soprattutto, per il periodo che segue immediatamente il passaggio del fronte e la fine della seconda guerra mondiale (1). In tempi successivi la documentazione inerente la lotta di liberazione in Toscana si è accresciuta con l'acquisizione, effettuata col parere favorevole della Soprintendenza archivistica per la Toscana, dell'archivio del Cln comunale di Prato, che, assieme a quelli del Cln provinciale di Massa Carrara e del Cln comunale di Massa Marittima e quelli dei Cln comunali di Empoli, Foiano della Chiana, Follonica, Fornaci di Barga, Gallicano e Manciano consentono una più ampia ricostruzione dell'attività dei Cln toscani (2). Una precisa connessione ideale unisce questa parte dell'archivio con molti dei fondi versati dai privati, in epoche diverse, in cui non è raro trovare la testimonianza di un costante impegno civico e politico nella continuità fra le carte del periodo e una vasta documentazione di cospicuo interesse per la ricostruzione della vita politica e sociale nel dopoguerra non solo a livello locale, ma anche nazionale.

Citiamo, fra tali fondi, quelli di Francesco Berti (1944-1946; bb. 2), Cesare Collini (1922-1983; bb. 14), Foscolo Lombardi (1915-1928; 1941-1972; bb. 31), Attilio Mariotti (1944-1960; b. 1), Mario Augusto Martini (1944-1948; bb. 2), Aldobrando Medici Tornaquinci (1938-1955; bb.12), Rineo Cirri, Roberto Battaglia (1943-1963; bb. 5), Albertina Baldi. Successivamente l'archivio si è arricchito dei fondi di Gaetano Salvemini (1898-1957; bb. 162), Tristano Codignola (1925-1981; bb. 184), Ferdinando Schiavetti (1908-1969; bb. 50), Roberto Bolaffio (non ordinato; bb. 22), Michele Cantarella (1921-1980; bb. 13), Marcello Coppetti (affidato in comodato all'Istituto dalla Regione Toscana), Piero Mucchini, Angiolo Gracci (1944-1990; bb. 230), Pasquale Filastò (1945-1990; bb. 301), Orazio Barbieri. La sistemazione del primo nucleo dell'archivio fu curata da Gaetano Arfè nei primissimi anni di vita dell'Istituto. Nel 1966 l'alluvione colpì, con una parte della biblioteca e dell'emeroteca, anche l'archivio, sconvolgendo l'importante fondo Foscolo Lombardi, altre donazioni minori e, parzialmente, il fondo Piero Calamandrei; in tale occasione la sezione di Firenze dell'Anpi, anch'essa colpita dall'alluvione, versò all'Istituto ciò che restava del suo archivio concernente l'attività della divisione Garibaldi Potente e altre formazioni partigiane fiorentine.

Il disastro impose, dopo il salvataggio del materiale alluvionato, non soltanto il riordinamento di quest'ultimo, recuperato almeno per il 99 per cento, quanto una sistemazione generale dell'archivio. Tale impresa fu avviata sotto la direzione di Giuseppe Pansini nel quadro dell'iniziativa promossa dall'Insmli per la catalogazione del patrimonio archivistico posseduto dalla rete degli Istituti. A questo proposito è opportuno segnalare che è stato completato l'ordinamento della sezione "Manoscritti" del fondo Salvemini - di cui è stato pubblicato l'indice - mentre il carteggio è stato ordinato e catalogato fino al 1925; l'Istituto si propone di completare quanto prima l'ordinamento della corrispondenza. Altri fondi in corso di avanzato ordinamento sono quello di Ferdinando Schiavetti, ancora non terminato per la donazione di ulteriori carte e della cospicua biblioteca personale da parte della figlia Annarella Schiavetti Rotter, e quello di Angiolo Gracci, relativo soprattutto alla sinistra extraparlamentare. L'archivio è completato da una Fototeca di circa 15.000 foto (fra stampe e negativi su vetro e/o pellicola), pervenuta all'Istituto per donazione, come parte integrante di fondi archivistici (da cui è stata talvolta separata solo per consentirne una migliore conservazione), per acquisto o in comodato, per duplicazione da pubblicazioni ormai rare, riproduzioni di immagini concesse da singoli privati e istituzioni. Alcuni dei principali fondi fotografici sono: Anpi di Carrara, Anpi di Firenze, Anpi di Foiano della Chiana, Anpi di Pontassieve, Ataf, Albertina Baldi, Alfredo Bani-Ada Galassi-Giovanni Verni, Riccardo Barchielli, Jaures Busoni, Compartimento FS di Firenze, Riccardo Francovich, Fosco Frizzi, Libertario Guerrini, Achille Mazzi, Milizia nazionale forestale, Opera nazionale dopolavoro, Duilio Susmel. La Fototeca, inoltre, arricchita recentemente dal deposito, ancora non formalizzato, del fondo fotografico di Cesare Giorgetti, fotoreporter negli ultimi quaranta anni di alcuni quotidiani fiorentini. Il fondo è costituito da migliaia di foto (stampe e negativi), concernenti le vicende di Firenze, della provincia e della regione Toscana, dal periodo fascista ai nostri giorni. Di rilevante importanza è la raccolta di volantini e manifesti relativi alla vita politica toscana dalla fine del secolo scorso agli anni Quaranta (Volantinoteca). Fa parte dell'archivio anche la raccolta delle testimonianze orali di protagonisti dell'antifascismo e della Resistenza, incise su nastro magnetico, che allo stato attuale, costituiscono una nastroteca di notevoli dimensioni (400 testimonianze per più di 700 ore di registrazione). Negli ultimi anni si è definita una periodizzazione più ampia rispetto alla prima raccolta di testimonianze, che tendeva piuttosto alla ricostruzione di alcuni episodi particolarmente significativi vissuti dal testimone relativamente al periodo fascista e resistenziale. Queste testimonianze sono utilizzate anche a scopo didattico per interventi nelle scuole, condotti in collaborazione con il Provveditorato agli studi di Firenze.

Negli ultimi anni è stata costituita una Videoteca, che raccoglie oggi 318 titoli: film di storia locale riguardanti eccidi, storie di brigate partigiane, prodotti per conto delle associazioni partigiane; lezioni di storia italiana ed europea del Novecento; filmati coevi realizzati da cineoperatori al seguito delle truppe alleate e filmati prodotti dall'Istituto Luce; video realizzati con la collaborazione dell'Istituto, prodotti da classi scolastiche, filmati donati all'Istituto, realizzati a livello amatoriale su episodi di storia locale; film di eventi politici e sociali dal dopoguerra in poi; film commemorativi, testimonianze videoregistrate di antifascisti toscani, ecc. La Biblioteca conta all'incirca 45.000 fra volumi e opuscoli di storia dell'Italia e in particolare della Toscana contemporanea e della Resistenza nella stessa regione. Altre aree di interesse che caratterizzano il profili della biblioteca sono: prima e seconda guerra mondiale, fascismo italiano ed europeo, antifascismo, guerra di liberazione, dopoguerra, ricostruzione, repubblica italiana, didattica della storia. La ricerca bibliografica si avvale di un catalogo per autori e titoli e di un catalogo per soggetti limitatamente agli opuscoli. E' in corso l'informatizzazione del catalogo per autori, secondo i criteri Isbd, attraverso il programma Isis, versione italiana 3.7 con applicazione Teca, fornito dalla Regione Toscana all'Istituto in quanto aderente al Cut (Catalogo unico toscano); attualmente il catalogo on-line consta di 9.500 records. Il patrimonio bibliografico, inoltre, si caratterizza per alcuni fondi speciali: Fondo Toscana (Fondo K), di circa 1.200 volumi concernenti la storia della Toscana contemporanea, suddivisi per province, con particolare riferimento a fascismo, antifascismo, seconda guerra mondiale e Resistenza, continuamente incrementato attraverso donazioni e acquisti; il fondo è informatizzato; Fondo Regione Toscana di 6.000 tra volumi e opuscoli ricevuti in comodato dalla Regione Toscana e riguardanti prevalentemente il regime fascista e la seconda guerra mondiale; Fondo Giovanni Francovich di circa 1.500 volumi composto da un nucleo iniziale costituito dalla biblioteca che apparteneva a Giovanni Francovich e integrato da periodiche donazioni effettuate, a suo tempo, da Carlo Francovich in memoria del figlio. Il fondo riguarda prevalentemente la storia del movimento operaio, del marxismo e del socialismo. Contiene anche numerose pubblicazioni del Centro ricerche storiche di Rovigno - Unione italiana di Fiume, poiché l'Istria è luogo di origine della famiglia Francovich. Esistono inoltre una serie di fondi quantitativamente minori: Albertina Baldi, Roberto Bolaffio, Michele Cantarella, Antonio Curina, Ezio Puzzoli, Vieri Torelli, Antonio Torelli acquisiti per donazione. I Fondi Bolaffio e Cantarella (rispettivamente di 400 e 200 volumi in lingua italiana ed inglese) assumono particolare rilievo in quanto appartenenti a esponenti antifascisti che hanno soggiornato negli Stati Uniti, frequentando gli esuli politici italiani fra cui Gaetano Salvemini con il quale hanno avuto un intenso rapporto. Molto importante è anche l'attività dell'Emeroteca, che vanta un consistente patrimonio di periodici d'epoca (2.200 testate), e un flusso di 200 riviste italiane e straniere di storia contemporanea; si segnalano le collezioni complete di "Il Corriere della sera", "La Nazione","Avanti!", "l'Unità". Il patrimonio dell'emeroteca è costituito inoltre da un numero non indifferente di fogli del periodo 1940-1945, in particolare della guerra di liberazione. Particolare attenzione viene riservata alla conservazione del materiale attraverso la microfilmatura e già l'emeroteca possiede numerose testate in microfilm. L'Istituto pubblica dal 1981 il periodico semestrale "In/Formazione". Notiziario bibliografico di storia contemporanea italiana.