L'Istituto storico della Resistenza in Liguria nacque per iniziativa di Luciano Bolis, allora direttore dell'Ufficio stralcio del CLN regionale, d'intesa con i maggiori esponenti del CLN, e iniziò a funzionare di fatto nell'ottobre del 1947 anche se si costituì legalmente soltanto il 9 giugno 1950. Nel suo primo statuto veniva indicato come compito prioritario la raccolta e l'ordinamento di "tutti i documenti e cimeli che interessano la storia della Resistenza in Liguria e le comunicazioni ovunque apparse al riguardo".

Insieme all'Istituto piemontese e a quello lombardo, costituitisi anch'essi di fatto fra il 1947 e il 1948, diede vita fin dal 1949 all'Istituto nazionale per la storia del Movimento di Liberazione in Italia, costituito legalmente il 28 gennaio 1951. Ai sensi della legge n. 3 del 1967, esso risulta associato all'Istituto nazionale e partecipa al suo Consiglio generale. L'Istituto attinge risorse per le proprie attività dalla legge regionale n. 24 del 1980, si avvale dell'opera di docenti di ruolo, svolge funzioni di coordinamento degli altri Istituti provinciali della Resistenza presenti in Liguria. Dall'aprile del 1997 ha assunto la denominazione di Istituto ligure per la storia della Resistenza e dell'età contemporanea (Ilsrec), ampliando la propria attività allo studio e all'approfondimento della storia del Novecento. L'Istituto ha dimensione regionale e ha come soci di diritto la Regione Liguria, la Provincia e il Comune di Genova; del suo Consiglio direttivo fanno parte esponenti del mondo della Resistenza, degli enti locali, degli altri Istituti provinciali liguri, dell'università e della ricerca scientifica, della scuola e della cultura. Esso possiede una biblioteca specializzata di oltre 7000 volumi e un'emeroteca con circa un centinaio di riviste. Il materiale archivistico di proprietà dell'Istituto ha attualmente la consistenza di 648 buste per un totale complessivo di oltre 250.000 documenti. Esso risulta costituito da due sezioni documentarie di diversa origine e provenienza. La prima consiste nel grande complesso documentario del Cln Liguria (1943-1946; bb. 324), formatosi per concentrazione degli archivi del Cln regionale, che svolgeva anche le funzioni di Cln provinciale di Genova, dei tre Cln provinciali di Savona, Imperia e La Spezia, nonché di numerosissimi archivi di Cln locali e aziendali, secondo le direttive diffuse dal Clnai nell'estate del 1946, e nel fondo del Partito d'Azione ligure (1944-1947; bb. 42). All'archivio del Cln Liguria risulta aggregata anche una raccolta di quotidiani e periodici del periodo 1945-1946 (bb. 176), presumibilmente quelli disponibili nella sala di lettura del Cln regionale durante il suo periodo di attività. Si tratta di ben 371 testate, di cui 72 edite all'estero. Questi fondi sono stati a lungo depositati presso l'Archivio di Stato di Genova. Il 21 gennaio 1948, infatti, il Consiglio direttivo dell'Istituto aveva deliberato di depositare l'archivio del Cln Liguria, che gli era stato devoluto un mese prima dal relativo Ufficio stralcio, presso il locale Archivio di Stato. Insieme al fondo del Cln regionale fu depositato all'Archivio di Stato quello del disciolto Partito d'Azione ligure. Questa decisione, fortemente voluta da Luciano Bolis in quanto i locali allora assegnati all'Istituto non erano sufficienti per contenere tutta la documentazione, ma non completamente condivisa dagli altri membri del Consiglio direttivo, poté essere revocata soltanto nel 2000, dopo che l'Istituto si fu trasferito nell'attuale sede, molto più spaziosa. Tuttavia il fatto che la documentazione del Cln Liguria fosse conservata in Archivio di Stato, per quanto dotata di un elenco di consistenza e liberamente consultabile da parte dei soggetti autorizzati dall'Istituto, venne progressivamente costituendo un motivo di disagio per i membri del Consiglio direttivo, che forse per questa ragione consentirono, nel 1982, che la documentazione del Cln provinciale di Imperia e degli organismi da essa dipendenti venisse trasferita al locale Istituto per la storia della Resistenza, spezzando in tal modo quell'unitarietà che costituiva una delle caratteristiche più significative del fondo.

La seconda sezione documentaria è invece costituita dal materiale depositato o donato da privati, in genere esponenti della Resistenza ligure, e risulta pertanto in continuo incremento. Un primo intervento di organizzazione di questo materiale venne avviato a partire dal 1956, quando il Consiglio direttivo dell'Istituto incaricò la segretaria Maria Eugenia, detta Genny, Burlando di riordinare il materiale archivistico di provenienza privata che già si conservava presso la sede, sotto la supervisione di Giovanni Battista Lazagna, membro del Consiglio direttivo ed ex vicecomandante della divisione Cichero, che fra il 1956 e il 1957 aveva donato all'Istituto molta documentazione in suo possesso. La soluzione allora prescelta appare oggi più simile a quella di un centro di documentazione che di un istituto archivistico. L'ordinamento venne infatti attuato "per argomenti", creando raggruppamenti artificiali di documenti, scanditi sulla base di alcuni grandi temi della storia del fascismo, dell'antifascismo e del movimento di liberazione nazionale e contraddistinti ciascuno con una sigla: "Prefascismo (PF)"; "Fascismo (F)"; "Antifascismo (AF)"; "Guerra (G)"; "Periodo badogliano - Armistizio (PB-A)"; "Pre-resistenza (PR)"; "Resistenza (R)", a sua volta ripartito in "Attività politiche (AM)", "Attività militari (AP)" e "Fondo Gimelli", costituito dalla documentazione raccolta da Giorgio Gimelli per la prima edizione del suo volume Cronache militari della Resistenza in Liguria; "Documenti vari (DV)"; "Repubblica sociale italiana (RSI)"; "Occupazione tedesca (OT)"; "Dopoguerra (DP)". In queste grandi ripartizioni, a loro volta organizzate ciascuna al suo interno secondo uno schema di classificazione stabilito a priori, venne suddivisa la documentazione senza tener conto della provenienza, ed esse venivano costantemente incrementate non soltanto mediante materiale documentario originale, ma anche attraverso l'attività di reperimento di pubblicazioni, articoli di giornale, documentazione in copia, a cui sembra essersi dedicata in modo particolare Genny Burlando. Solo successivamente invalse anche presso l'Istituto ligure la prassi, archivisticamente più corretta, di mantenere la documentazione distinta per donatore o depositante. La guida all'archivio dell'Istituto curata da Renato Monteleone e Mauro Negri e pubblicata nella Guida sommaria agli archivi degli Istituti di storia della Resistenza, edita dall'Insmli nel 1974, descrisse, oltre al materiale depositato presso l'Archivio di Stato, soltanto le voci "Attività militare", "Attività politica", e il fondo "Gimelli" e segnalò, senza fornirne la descrizione, l'esistenza della raccolta tematica "Periodo badogliano". Non venne però dato conto del progetto più complessivo di sistemazione di tutto il materiale documentario conservato presso la sede. Esso, a quell'epoca, veniva quantificato in 38 buste. L'identica consistenza e ripartizione "per argomenti" compare nella voce dedicata all'Istituto nella seconda Guida agli archivi della Resistenza, pubblicata nel 1983 nelle collane dell'amministrazione archivistica: l'unica variazione risulta costituita dalla descrizione del raggruppamento tematico "Periodo badogliano".

Le consistenti acquisizioni di nuovo materiale documentario avvenute negli anni immediatamente successivi sollecitarono però l'Istituto ad avviare un nuovo e più analitico intervento di inventariazione, che venne effettuato utilizzando il programma CDS/ISIS in modo da poter avere a disposizione non soltanto un inventario cartaceo ma anche una banca dati interrogabile per parole chiave. L'intervento, affidato a Stefano Benassi, Patrizia Bocconi e Erminia Ferriani, venne concluso nel 1992. L'inventario redatto, consultabile in forma dattiloscritta presso la sede dell'Istituto, fornì per la prima volta una descrizione analitica del materiale conservato presso l'Istituto, ma non fece completa luce su quello che era stato il progetto di un "archivio" organizzato "per argomenti". Infatti i riordinatori scelsero di definire come "fondi" quelle che erano evidentemente delle raccolte, e per di più istituirono un nuovo "fondo", detto "Fondo Burlando" in memoria di Genny Burlando, il materiale documentario che secondo il piano di ordinamento originario avrebbe dovuto costituire i raggruppamenti tematici Prefascismo, Fascismo, Antifascismo, Guerra, Periodo badogliano, Repubblica sociale italiana, Occupazione tedesca e Dopoguerra. In quest'occasione vennero inoltre descritti per la prima volta i "Documenti vari", il "fondo Scrivia" (1945-1948; b. 1), costituito dalle carte donate da Aurelio Ferrando, che era stato comandante della divisione garibaldina Pinan Cichero col nome di battaglia Scrivia, e il "fondo Toscano" (1944-1945; bb. 2), costituito dai documenti in copia donati a più riprese da Lilio Giannecchini, vicecomandante della brigata garibaldina Oreste col nome di Toscano. L'inventario prodotto da questo gruppo di lavoro non è mai stato pubblicato, ma è consultabile in forma dattiloscritta presso l'Istituto. Nel 2001 è stato avviato un nuovo intervento di descrizione di tutto il materiale documentario di proprietà dell'Istituto, affidato a Stefania Paoletti e Francesca Alberico, coadiuvate da Silvia Traversa e Monica Colombara, e finalizzato all'inserimento dell'archivio dell'Istituto nella Guida on line agli archivi della Resistenza promossa dall'Insmli. Questo intervento è stato effettuato cercando di limitare al minimo ulteriori operazioni di "riordinamento" che, su materiale già più volte riorganizzato e descritto, e ampiamente utilizzato in studi e pubblicazioni, sarebbero risultate assai complesse e forse anche fuorvianti.

Per quanto riguarda gli archivi del Cln Liguria e Partito d'Azione questa scelta non ha provocato particolari difficoltà, trattandosi di fondi archivistici in senso proprio, cioè della documentazione prodotta e ricevuta da soggetto ben definito nel corso della sua attività istituzionale. Assai più difficile appariva descrivere in modo corretto il materiale da sempre conservato presso la sede dell'Istituto, la cui sistemazione, come si è visto, risultava nella maggior parte dei casi artificiosa. Poiché appariva praticamente impossibile, allo stato attuale, risalire alla provenienza delle singole carte, tranne nel caso di piccoli nuclei documentari peraltro già da tempo inseriti nel quadro di classificazione generale, si è ritenuto che la soluzione migliore fosse soltanto dichiarare apertamente quali, fra i "fondi" descritti nelle guide precedenti, possano considerarsi effettivamente fondi, e quali invece siano piuttosto delle raccolte. Pertanto il cosiddetto fondo "Attività militare" ha ora assunto la denominazione di "Raccolta di documenti sull'organizzazione e le attività militari delle formazioni partigiane liguri" (1934-1966; bb.29 fascc. 510), quello denominato "Attività politica" è stato rinominato "Raccolta di documenti sull'organizzazione e l'attività dei Cln e dei partiti antifascisti liguri" (1921-1982; bb. 10 fascc. 83); ai "Documenti vari" è stata attribuita la meno generica definizione di "Raccolta di documenti su esponenti della Resistenza ligure e sulla memoria della Resistenza" (bb. 26 fascc. 103). Per quanto riguarda il "Fondo Burlando", non trattandosi, come si è visto, di materiale appartenuto a Genny Burlando né a lei pertinente, bensì di una parte della documentazione che si era venuta raccogliendo presso l'Istituto secondo le medesime modalità delle tre raccolte precedenti, si è ritenuto più opportuno definirla semplicemente "Raccolta di documenti sul fascismo, l'antifascismo e la Seconda guerra mondiale" (1889-1982; bb. 9 fascc. 69). Nella descrizione delle unità archivistiche si è fatto riferimento alle segnature riportate nell'inventario del 1992, in quanto quelle indicate nella Guida del 1983 non corrispondevano più alla reale consistenza delle raccolte, a causa dei successivi inserimenti di altra documentazione; eventuali piccoli aggiustamenti nella sequenza delle unità sono stati effettuati esclusivamente in forma virtuale, cosa resa possibile dall'adozione di tecnologie informatiche. L'unico intervento di riordinamento fisico è costituito nell'estrapolazione dai "Documenti vari" delle due buste contenenti gli atti della Commissione d'accertamento sul salvataggio del porto di Genova, istituita dall'Istituto nel 1948, in quanto si trattava di un vero e proprio fondo, chiaramente distinguibile dal resto del materiale e meritevole di essere maggiormente evidenziato. Inoltre i fondi denominati "Gimelli 1" e "Gimelli 2", che contengono i documenti utilizzati da Giorgio Gimelli per la redazione delle due edizioni delle Cronache militari della Resistenza in Liguria, sono stati riuniti in un unico "fondo Gimelli" (1943-1985; bb. 29), pur mantenendo al loro interno la distinzione in due sezioni per segnalare che essi furono donati in due riprese. Al momento è stata completata la descrizione secondo il programma Guida agli archivi della Resistenza dell'archivio del Cln Liguria, che comprende al suo interno 116 fondi; del fondo "Partito d'Azione" e delle quattro raccolte documentarie sopra descritte. Restano da descrivere i fondi "Toscano" e "Scrivia", comunque inventariati nel 1992, e il materiale documentario acquisito negli ultimi anni, che deve essere ancora riordinato. Oltre alla documentazione su supporto cartaceo, l'Istituto è in possesso di una raccolta di documenti fotografici (1919-1967; bb. 6), consistente in circa 250 fotografie ordinate "per argomenti" dall'avvento del fascismo all'inaugurazione della sede dell'Istituto in via Garibaldi, di una videoteca con 70 titoli fra film e documentari, di oltre 300 audiocassette con interviste a protagonisti della Resistenza ligure e di cimeli storici. Del materiale sonoro e audiovisivo sono a disposizione elenchi sommari. L'Istituto pubblica dal 1989 gli annali "Storia e memorie", divenuti nel 1992 la rivista semestrale "Storia e memoria".